03.10.2018

15.10. - Gastvortrag: Immune cell signaling pathways through the lens of biology-inspired deep learning on single cell transcriptomes

Nikolaus Fortelny hält am 15. Oktober 2018 um 16:00 Uhr im Hörsaal 403 der NW-Fakultät einen Gastvortrag zum Thema "Immune cell signaling pathways through the lens of biology-inspired deep learning on single cell transcriptomes". Der Fachbereich Biowissenschaften und das ICA laden herzlich dazu ein!

Barrierefreiheit: Kurzbeschreibung des Bildes

Nikolaus Fortelny ist Postdoctoral Fellow in der Christoph Bock Group am CeMM - Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences in Wien.

Abstract:
Recent advancements in single cell technologies have led to the generation of sequencing data on thousands to millions of individual cells, numbers that are likely to scale up exponentially in the future. While the resulting datasets enable the study of biological systems at unprecedented detail, they also pose computational challenges in the integration, normalization, and especially interpretation of the data. The increase in scale of biological data is accompanied by rapid progress in the field of machine learning. Algorithms that rely on large datasets have reached human level in image recognition, complex games such as GO, and other tasks. In this talk, I will demonstrate how machine learning helped us to understand complex biological processes in a study of trans- and de-differentiation of pancreatic islet cells and a study of patient heterogeneity of drug responses in chronic lymphocytic leukemia. Complex machine learning algorithms such as deep neural networks are powerful predictors. However, the rules learned to generate predictions are often difficult to interpret in such black box algorithms. Their applicability could be significantly increased if it was possible to extract rules in addition to the predictions made. In the second part of this talk, I will demonstrate how interpretability can be enabled by integrating prior biological network knowledge into black box algorithms. Applied to a dataset of T cell receptor stimulation as well as the entire Human Cell Atlas, this modified algorithm learned rules that correspond to signaling proteins and pathways regulating cell state.

Univ.-Prof. Dr. Angela Risch

AG-Leiterin

Universität Salzburg

Billrothstrasse 11

Tel: +43 (0) 662 / 8044 -7220

E-Mail an Univ.-Prof. Dr. Angela Risch

  • ENGLISH English
  • News
    Die Anmeldung zu den Kursen der ditact_women´s IT summer studies ist in vollem Gange. Noch bis 08. Juli läuft die erste Anmeldefrist, danach wird die Restplatzbörse geöffnet.
    Studierende der Philosophie KTH haben mit großem Engagement ein Video über den Philosophie-Fachbereich an der Katholisch-Theologischen Fakultät produziert.
    Am Tag der Universität ist auch der aktuelle PLUS Report erschienen.
    Vom 6. bis 14. April waren Studierende der Universitäten Linz und Salzburg mit Albert Lichtblau (Salzburg) und Thomas Spielbüchler (Linz) auf Exkursion in Ghana.
    Dr. Amir Mazor (Haifa) Mittwoch, 26. Juni 2019, 18 Uhr c.t., Raum E.33 (Abguss-Sammlung, Residenzplatz 1)
    Do 27. JUNI, 18h: ABSCHLUSSVERANSTALTUNG DES PROGRAMMBEREICHS KUNSTPOLEMIK – POLEMIKKUNST // KunstQuartier|Bergstr. 12a |W&K-Atelier, 1. OG // www.w-k.sbg.ac.at/de/kunstpolemik-polemikkunst
    Der Botanische Garten lädt ein zu einer kostenlosen Führung! Treffpunkt: Eingang zum Botanischen Garten. Dauer: ca. eine Stunde. Die Führung findet bei jedem Wetter statt. Botanischer Garten, Hellbrunnerstrasse 34.
    Das Weiterbildungsangebot für engagierte Pädagog/innen und Interessierte im neuen kompakten Tagungsformat in der Großen Universitätsaula Salzburg. Jetzt anmelden und aktiv erfahren, wie Sie Geborgenheit für Kinder und Jugendliche spürbar machen!
    Der Botanische Garten lädt ein zu einer kostenlosen Führung! Treffpunkt: Eingang zum Botanischen Garten. Dauer: ca. zwei Stunden. Die Führung findet bei jedem Wetter statt. Botanischer Garten, Hellbrunnerstrasse 34.
    Die 7. Salzburg Summer School findet vom 02. bis 03. September 2019 statt. Es wird ein umfassendes pädagogisches Sommerfortbildungsprogramm für Lehrkräfte und Lehramtsstudierende aller Schulformen und Unterrichtsfächer angeboten. Anmeldungen sind möglich.
    Die Studieneingangs- und Orientierungsphase an Universitäten entscheidet vielfach über den Verbleib in einem Studium. Leonhard Menges aus dem Fachbereich Philosophie hat dazu ein ausgezeichnetes Konzept vorgelegt.
    Dank einer großzügigen Hinterlassenschaft seitens Herrn Kurt Zopf schreibt die Universität Salzburg den mit 10.000,-- Euro dotierten Kurt-Zopf-Förderpreis für habilitierte Angehörige von Organisationseinheiten der Universität, welche die Fachgebiete Geistes-, Kultur- und/oder Sozialwissenschaft, Rechtswissenschaft oder Theologie umfassen, aus.
  • Veranstaltungen
  • 26.06.19 Der Kampf um die Gesinnungsästhetik. Christa Wolf und der deutsch-deutsche Literaturstreit
    26.06.19 Sprachwandel R/Evolution von unsichtbarer Hand ?
    26.06.19 RebellionmusonK
    27.06.19 Neuorganisation der Sozialversicherung - Verfassungs-, arbeits- und verfahrensrechtliche Fragestellungen
    27.06.19 Dr. Elisabeth Stöttinger Venia: „Psychologie“
    27.06.19 „Can you pave the plane nicely with identical tiles?“
    27.06.19 Psychotherapeutisches Propädeutikum - Infoveranstaltung
    27.06.19 Kunst:Polemik – eine Finissage
    30.06.19 Die Pflanzen der Bibel
    02.07.19 Salzburger Apotheker-Kräutergarten
  • Alumni Club
  • PRESSE
  • Uni-Shop
  • VERANSTALTUNGSRÄUME
  • STELLENMARKT
  • Facebook-Auftritt der Universität Salzburg Twitter-Auftritt der Universität Salzburg Instagram-Auftritt der Universität Salzburg Flickr-Auftritt der Universität Salzburg Vimeo-Auftritt der Universität Salzburg